平成18年4月に開設したMOT（Management of Technology）特別教育コースは、大学院自然科学研究科において1年間の集中講義形式かつノンディグリープログラムとして、特に少数精鋭教育を重要視し、起業家的技術経営人材の養成を行ってきました。平成30年4月より自然科学研究科から自然科学教育部への改組にともない、「MOT特別教育コース」も「イノベーションリーダー育成プログラム」と名称を変更しましたが、教育内容はこれまでと同様、以下のように充実したものとなっています。
MBA（Master of Business Administration）の理工系バージョンであるMOTは、「技術のわかる経営者育成」を意味したわが国独自のことばで、「技術経営」とも呼ばれます。一般的には、最先端技術の商品化・事業化、生産管理の技術革新など、企業内の技術や知識を新たな体系に組みなおし、企業の独自技術、潜在的能力を発見し、それを有効的に活用することです。技術を創造する知識とともに、技術の創造をどのようにマネジメントするかが非常に重要な課題となっています。技術経営は、技術を事業の核とする企業・組織が次世代の事業を継続的に創出し、持続的発展を行うための経営であり、グローバルな技術革新がビジネスの前提を変える事業環境の時代に不可欠な経営手法であるといえます。
本教育プログラムで提供する「MOT特別教育科目」は、経営の基礎理論から、技術経営の実践、および多くの演習やディベートを網羅した全7科目8単位で構成されています。講師陣には第一線で活躍中の経営者からなる方々をお迎えしており、熊本に居ながらにして、技術のわかる経営者になるために必要な知識を得ることができます。必修5科目6単位を含む7単位以上を修得することで、「イノベーションリーダー育成プログラム」修了証が授与されます。